惠东港口海龟国家级自然保护区成立于1985年，1987年成为省级自然保护区， 1992年升格为国家级自然保护区，1993年加入中国生物圈保护区网络，2002年被列入《国际重要湿地名录》。保护区设管理局,隶属于广东省海洋与渔业局,为正处级事业单位,负责海龟保护区的统一管理工作。
保护区建立18年来，在生物多样性保护、科研及环境教育上发挥了重要的作用，取得了显著的生态和社会效益，多次受到国际自然保护联盟（IUCN）和国家有关部门嘉奖。